L’acquisition, en 1873, de la bibliothèque de Charles Daremberg (1817-1872), son premier bibliothécaire, a doté la bibliothèque d’un fonds inestimable qui représente la collection idéale de l’historien de la médecine au XIXe siècle :
• 114 incunables (sur 115 conservés par la Bibliothèque) : cette collection remarquable rend compte de l’édition médicale du XVe siècle. On y trouve en effet les oeuvres des médecins les plus illustres de l’antiquité et leurs commentaires (Hippocrate, Galien), la médecine du monde arabo-musulman (Mesué, Rhazès, Abulcasis, Avicenne, Avenzoar), la médecine du Moyen-Âge, l’École de Salerne, les éditions de Venise et le premier traité d’anatomie illustré de John Ketham.
• un ensemble de périodiques médicaux anciens.
• près de 7000 documents et ouvrages médicaux publiés entre 1501 et 1870 : tous les grands médecins chirurgiens et précurseurs de la médecine sont représentés : Ambroise Paré, Walter Hermann Ryff, William Harvey, Sydenham, Bidloo, Vicq d’Azyr, Boerhaave… On soulignera la qualité des ouvrages illustrés, de la manière noire d’un Gautier d’Agoty aux photographies de Duchenne de Boulogne.
D’autres acquisitions, dons et legs remarquables ont enrichi et continuent d’enrichir cette collection. Parmi ceux-ci, notons le Docteur Antoine Mattei qui, à sa mort en 1881 a légué un ensemble considérable d’ouvrages du XVIe au XIXe siècle se rapportant à l’obstétrique.