La bibliothèque conserve les archives de l’Académie de médecine depuis sa création en 1820, ainsi que les archives d’un certain nombre d’institutions médicales, du XVIIIe siècle à nos jours : Académie royale de chirurgie, Société royale de médecine, Société de l’École de médecine de Paris, Comité de Vaccine, etc. Elle conserve les archives personnelles de médecins, le plus souvent membres de l’Académie. Elle dispose aussi d’un fonds important de manuscrits.
La Bibliothèque dispose d’une très importante collection d’images, principalement des portraits. Elle conserve également des œuvres d’art de toutes sortes ainsi que des objets et instruments médico-chirurgicaux.
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